ВНУТРИВИДОВАЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ДОМАШНЕГО КРОЛИКА (ORYCTOLAGUS CUNICULUS) С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ IRAP-PCR

УДК: 575.113.1                                                                     DOI: 10.52178/00234885_2022_5_33

ВНУТРИВИДОВАЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ДОМАШНЕГО КРОЛИКА

(ORYCTOLAGUS CUNICULUS) С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ IRAP-PCR

Полилокусное генотипирование пород кроликов методом IRAP-PCR

Полный текст статьи

Е.С. Колесник*, В.И. Глазко, Т.Т. Глазко, Г.Ю. Косовский

ФГБНУ «Научно - исследовательский институт пушного звероводства и кролиководства имени В.А.Афанасьева»

Россия, 140143, Московская обл., Раменский район, пос. Родники, ул. Трудовая, д. 6.

*e-mail: niipzk@mail.ru

Современная селекционная работа с животными сельскохозяйственных видов идет по направлению интенсификации получения новых форм, в частности создания новых пород и синтетических кроссов, что требует разработки методов выявления «генофондного стандарта» породы на основе наиболее полиморф­ных геномных участков. Целью исследования было произвести анализ геномов отечественных пород кро­ликов и кросса Родник с использованием праймеров, которые могут быть связаны с образованием вторич­ных структур ДНК, G4 квадруплексов. Так, рассмотрен полиморфизм геномных участков, гомологичных фрагментам длинных концевых повторов 7 ретротранспозонов (Sabrina111, Sabrina 1336, Bare 123А, LTR IR, Sabrina, GlossyL, LTR OR2) и ДНК-транспозона Helitron, у трех пород кроликов (советская шиншилла, калифорнийская и белый великан), а также полученного на их основе нового синтетического трехпородного кросса Родник методом полилокусного генотипирования (всего исследованы 100 самцов и 100 самок). Прай­мер Sabrina имеет высокий показатель полиморфизма - полиморфное информационное содержание (PIC) (0,4125 в среднем). Так у синтетического кросса самые высокие показатели доли полиморфных локусов (ДПЛ) были среди праймеров Sabrina и LTR IR и равнялось 87,5%, так же как у белого великана и советской шиншиллы, при этом у калифорнийской породы выделялись Sabrina- 87,5% и Sabrina 1336- 71,42%, однако по показателю PIC полиморфизм выше у праймера Helitron - 0,495. Получены данные, свидетельствующие о том, что праймеры с потенциальной предрасположенностью к образованию G4 квадруплексов, выявляют повышенный полиморфизм у всех исследуемых пород кроликов, тем самым предполагая повышенную ин­формативность подобных маркеров в генотипировании сельскохозяйственных видов животных.

Ключевые слова: ретротранспозоны, полиморфизм, G-квадруплексы, кролики, кросс.

INTRASPECIFIC DIFFERENTIATION OF THE DOMESTIC RABBIT

(ORYCTOLAGUS CUNICULUS) USING IRAP-PCR

Genotyping of rabbit breeds by IRAP-PCR

E.S. Kolesnik*, V.I. Glazko, T.T. Glazko, G.Yu. Kosovsky

Afanas’ev Research Institute of Fur-Bearing Animal Breeding and Rabbit Breeding

6, ul. Trudovaya,pos. Rodniki, Ramenskii Region, Moscow Province, 140143 Russia

*e-mail: Адрес электронной почты защищен от спам-ботов. Для просмотра адреса в браузере должен быть включен Javascript.

Modem breeding work with animals of agricultural species is moving towards the intensification of the production of new forms, in particular the creation of new breeds and synthetic crosses. This requires the development of methods for identifying the “gene pool standard” of a breed, based on the most polymorphic genomic sites. The aim of the study was to analyze the genomes of domestic rabbit breeds and the Rodnik cross using primers that can be associated with the formation of G4 quadruplexes. Thus, we examined the polymorphism of genomic sites homologous to fragments of long terminal repeats of 7 retrotransposons (Sabrinalll, Sabrina 1336, Bare 123A, LTR IR, Sabrina, GlossyL, LTR OR2) and DNA transposon Helitron in three rabbit breeds (Soviet Chinchilla, Californian and White Giant) as well as rhe new synthetic three-breed cross Rodnik by polylocus genotyping (100 bucks and 100 does were examined in total). The Sabrina primer has a high polymorphism score, polymorphic information content (PIC) (0,4125 on average). So in the synthetic cross, the highest PPL (the proportion of polymorphic loci) rates were among Sabrina and LTR IR primers and were 87,5%, as well as in the White Giant and the Soviet Chinchilla, while in the Californian breed stood out Sabrina - 87,5% and Sabrina 1336 - 71,42%, but by the PIC polymorphism rate was higher in the Helitron primer - 0,495. The data obtained indicate that primers with a potential predisposition to form G4 quadruplexes reveal an increased polymorphism in all rabbit breeds, thus suggesting an increased information content of such markers in genotyping of agricultural animal species.

Keywords: retrotransposons, polymorphism, G-quadruplexes, rabbits, cross.